Europe PMC積極增加預印本的可發現性

隨著COVID-19預印本全文倡議的成功，歐洲PubMed Central (Europe PubMed Central, Europe PMC)目前有超過3萬1千篇的COVID-19預印本全文可以透過Europe PMC檢索取用。Europe PMC正積極擴張典藏庫中可以檢索到的預印本全文，試圖將Europe PMC資助者(funder)資助的研究論文預印本都囊括進來。

這項計畫的目的是增加預印本的可發現性(discoverability)，也為了未來研究分析增加全文數量，並且增加預印本的能見度。

從2022年4月1日起，Europe PMC將包含36個Europe PMC資助者所資助、有創用CC授權的研究論文預印本的全文。第一步的預印本全文來自medRxiv、bioRxiv以及Research Square，未來將逐步擴大收錄其他預印本平台的文獻。

Europe PMC將全文的PDF文件轉換成機器可以閱讀、適合做資料探勘的XML格式，接著讓通訊作者確認預覽模式，獲得作者同意之後就會將全文收錄在Europe PMC。Europe PMC中的預印本全文跟索摘都可以透過平台被檢索，也可以批次大量下載作為分析使用。

可以在Europe PMC中同時檢索到索摘及全文對使用者來說會變得更方便，也提高以預印本形式出版的研究成果的可發現性，對預印本作者來說可以獲得更高的能見度，研究發現的觸及率也會更高。

全文摘自

Europe PMC improves discoverability of preprints

MIT Press與UC Berkeley聯合發行Overlay期刊Rapid Reviews: COVID-19

麻省理工學院出版社與加州柏克萊大學聯合發行Overlay期刊(overlay journal)：Rapid Reviews: COVID-19 (RR:C19)。RR:C19屬於開放取用期刊，為了增加COVID-19預印本訊息傳遞的正確性，RR:C19會提供快速的同儕審評，讓研究成果可以快速且正確地出版。

RR:C19的編輯團隊由加州柏克萊大學的公共衛生學院教授Stefano M. Bertozzi擔任主編。編輯團隊利用AI工具找出儲存在各預印本平台上有價值的文獻(promising)，再進行專家同儕審評後將成果出版在開放取用平台PubPub。此期刊將盡可能跨學科、不受地理區域限制地出版文獻。

RR:C19的期刊計畫收到來自派翠克·麥高文基金會(Patrick J. McGovern Foundation)35萬美元的資助；PubPub則是由Knowledge Futures Group開發的平台。

閱讀原文

The MIT Press and UC Berkeley Launch RapidReviews: COVID-19

延伸閱讀

關於overlay期刊，可以參考黃鴻珠老師於2009年CONCERT年會的演講內容

「數位典藏對期刊出版的影響」https://concert.stpi.narl.org.tw/seminar/73。

大量新冠病毒的研究產出改變了研究的模式

流行病新冠病毒不斷發展改變，為了趕上病毒的改變成長速度，研究者整理、分析研究的方式也產生了改變(sea change)。

根據Digital Science的執行長Daniel Hook表示，從年初至4月3日為止，Digital Science中已經有超過6,000篇(其中17%的文獻是預印本)關於新冠病毒的研究。新冠病毒的研究文獻成長量之快，與另一新興研究領域AI深度學習的文獻成長速度相較，後者大約需要六年的時間才達到差不多的文獻量。

Daniel Hook表示許多出版社將新冠病毒的研究(包含全文跟數據)「開放取用」，這表示研究者可以用更智慧的搜尋技術，例如文本、資料探勘(text mining, data mining)來取得相關的研究資料，這改變了研究的文化及研究者的工作模式。

英國研究機構The Pirbright Institute的新冠病毒研究小組組長Erica Bickerton表示，研究資料及數據成長快速，但研究社群卻可以快速適應改變、利用這些資料，是整個研究社群互相協助的結果。期刊將新冠病毒相關研究聚集在一起，非營利組織Science Media Centre (SMC) 收集、過濾相關的預印本研究，讓研究者可以快速取用相關的研究。除此之外，在社群平台(例如Twitter)上也有許多有用的討論。

這次科學界快速對新冠病毒做出回應時主要的挑戰之一是快速增加的預印本，預印本是未經過同儕審評的文章，數量快速增加的預印本顯示研究者因為這場抗疫，也在改變他們的想法與研究行為。

開放科學及開放數據如何在對抗新冠肺炎(COVID-19)的戰役中提供協助

在對抗新冠肺炎COVID-19的戰役中，開放科學正在改變科學家的工作模式及合作模式，在各國國境封鎖的狀態下，全世界的科學家透過開放取用的論文、預印本平台及開放數據共享最新研究發現及合作，努力開發COVID-19的疫苗。

*開放科學與開放數據

1. 開放數據

DNA序列(DNA sequencing)是開發特定診斷套組(diagnostic kits)的重要關鍵。上海復旦大學的張永貞教授及其同事首先發現新冠病毒的DNA序列，他們將這個重要的發現放在開放數據儲存庫(open-access data repository) GenBank，全世界的科學家可以立刻開始取用這個發現進行相關研究。截至2020年2月19日，已經有81組不同的新冠病毒基因序列被分享到GenBank上，這為科學家譯解病毒提供有利的資源，並進一步試著找出治療的方法或疫苗。

2. 開放出版品

訂閱期刊論文閱讀很昂貴，作者付費出版讓讀者免費閱讀也很花錢。文中數據指出截至2020年2月18日，在資料庫Dimensions中有500篇與新冠病毒相關的文章，但其中只有32%(160篇)的文章是開放取用(含預印本平台上的文章)，其餘340篇的文章必須要花錢訂閱期刊才能取用閱讀。

但有100間機構與英國慈濟基金會惠康基金會合作，將開放與新冠病毒相關的研究論文和數據，免費取用新冠病毒相關的研究論文及數據可以加速全球研究的速度。

3. 開放教學資源

新冠病毒的爆發使得全球許多學校暫時關閉，轉為線上教學，許多出版社提供免費的開放教學資源或是課程。

*開放科學及開放數據造就科學研究的新景象

在疫情爆發之後，美國科學家招集了全球的科學家在即時通訊平台Slack上共享、討論病毒的相關研究。使用Slack、Twitter等即時通訊平台共享資訊、即時溝通、每天都有大量的資料在預印本平台、開放數據庫上公開共享，這在十年前的科學界是不曾出現過的景象，開放科學及開放數據造就科學研究的新景象。

閱讀全文
How Open Science and Open Data can help in the fight against COVID-19